1996–жылы университетте Кыргыз – Өзбек университетинин аспирантура бөлүмү 1997-жылы 7 адистик боюнча ачылган. Аспирантурага тапшыруу боюнча 29 адистикке 2017-жылдын 31-июлундагы КРнын ББжИМнин №1030/1 буйругунун негизинде кайрадан уруксат алынды. Бүгүнкү күндө аспирантурада 22 аспирант илимий иштеринин диссертацияларынын үстүндө эмгектенишүүдө, анын ичинен 2 күндүзгү жана 20 сырткы бөлүмдө, 40дан ашуун изденүүчүлөр кандидаттык диссертацияларынын үстүндү иштеп жатышат. Аспиранттардын жана изденүүчүлөрдүн кандидаттык диссертацияларына 1 КР УИА академиги, 1 КР УИА корреспондент-мүчөсү, 4 КР Инженердик академиясынын академиги жана 2 корреспондент - мүчөсү, 8 илимдин доктору жана профессорлор, 60тан ашык илимдин кандидаттары жана доценттер илимий жетекчилик кылышууда. Илим изилдөө иштерине өзүн окууда жана чыгармачылыкта жакшы көрсөткөн, ийримдерде алактенген жана дипломдук ишин илимий темада аткарып жаткан жогорку курстун студенттери тартылган. Аспиранттар жетекчилери менен биргеликте диссертациялык жумуштарынын үстүнөн кылдаттык менен иштеп Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлиги жана Жогорку аттестациялык комиссиясы койгон талаптары боюнча тапшырмаларды аткарышып, макалаларды жарыкка чыгарышып, конференция семинарларга катышышып, илим жолунда талыкпастан эмгектенип келе жатышат. Илим жана аспирантура бөлүмү ай сайын аспиранттарга семинарларды, тегерек столдорду уюштуруп, жогорку деңгээлде өткөрүп келет.
Бүгүнкү күндөгү аспирантура бөлүмүндөгү адистиктер:
Физика-математикалык илимдер – 3 адистикте;
Химиялык илимдер – 3 адистикте;
Техникалык илимдер – 5 адистикте;
Тарыхый илимдер – 1 адистикте;
Экономикалык илимдер – 4 адистикте;
Философиялык илимдер – 3 адистикте;
Филологиялык илимдер – 6 адистикте;
Географиялык илимдер – 1 адистикте;
Педагогикалык илимдер – 2 адистикте.